Impian dan tuntutan akan hadirnya Fakultas Kelautan dan Perikanan di Universitas Syiah Kuala sudah lama ada, hal ini mengingat Aceh kaya akan sumber daya alam laut dan perikanan namun sayangnya potensi ini belum optimal pemanfaatan dan pengelolaannya, salah satu sebabnya minimnya sumber daya perikanan dan kelautan yang berkualitas tinggi. Impian dan tuntutan akan hadirnya Fakultas Kelautan dan Perikanan di Universitas Syiah Kuala sudah lama ada, hal ini mengingat Aceh kaya akan sumber daya alam laut dan perikanan namun sayangnya potensi ini belum optimal pemanfaatan dan pengelolaannya, salah satu sebabnya minimnya sumber daya perikanan dan kelautan yang berkualitas tinggi.
Usaha nyata dan sungguh-sungguh untuk menghadirkan impian ini mulai ditempuh pada masa kepemimpinan Rektor Alm. Prof. Dr. Dayan Dawood, M.A., yaitu ditandai dengan didirikannya Pusat Studi Kelautan pada awal tahun 1997 yang di Ketuai Oleh Dr. Syamsul Rizal dan Sekretaris Muchlisin Z.A., S.Pi. Pusat studi ini kemudian berganti nama menjadi Pusat Studi Kelautan dan Perikanan (PSKP) dengan Ketua Dr. Syamsul Rizal dan Sekretaris Dr. Musri Musman. Pada masa itu pusat studi ini dimotori oleh beberapa orang dosen dari Fakultas MIPA diantaranya Dr. Syamsul Rizal, Dr. Musri Musman, Muchlisin Z.A., S.Pi, Muhammadar, ST dan Muhammad Irham, S.Si dan beberapa dosen lainnya. Salah satu misi penting pusat studi ini adalah untuk merintis pembukaan program studi baru bidang kelautan di USK, sebagai cikal bakal pendirian Fakultas Kelautan dan Perikanan nantinya.
Berkat kerja keras tim yang tergabung dalam pusat studi ini, akhirnya Pemerintah dalam hal ini Dirjen Dikti mengeluarkan izin operasional untuk pembukaan Program Studi baru untuk Jurusan Ilmu Kelautan di USK. Program Studi Ilmu Kelautan (PSIKL), Fakultas Kelautan dan Perikanan (FKP), Universitas Syiah Kuala (USK) didirikan untuk mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi yang sesuai dengan kebutuhan masyarakat dan industri akan sumber daya manusia yang berkualitas dalam bidang ilmu kelautan di Indonesia pada umumnya dan Provinsi Aceh khususnya. Pembentukan PSIKL yang menjadi salah satu PS pada FKP USK secara resmi berdiri pada tanggal 4 Agustus 2003 berdasarkan SK Rektor Universitas Syiah Kuala No. 355 Tahun 2003, izin penyelenggaraan dari DIKTI Nomor 1615/D/T/2003 Tanggal 31 Juli 2003, diperpanjang dengan surat Dirjen Dikti Nomor 2993/D/T/2007 dan surat Rektor Universitas Syiah Kuala atas nama Dirjen Dikti 10275/D/T/K-N/2012. Sistem belajar mengajar pada PSIKL didesain secara terstruktur, sistematis dan dinamis sehingga lulusan-lulusan PSIKL memiliki kompetensi di bidang ilmu kelautan dan siap untuk memasuki pasar kerja. Sekarang ini, PSIKL ini telah terakreditasi A atas keputusan BAN-PT Nomor 1155/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/S/IV/2024.